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Text File  |  1995-07-25  |  2.0 KB  |  43 lines
  1. **************************
  2. * Leucine zipper pattern *
  3. **************************
  4.  
  5. A structure,  referred to as the 'leucine zipper' [1,2], has been proposed  to
  6. explain  how some eukaryotic gene regulatory proteins work. The leucine zipper
  7. consist  of a  periodic  repetition  of  leucine  residues  at  every  seventh
  8. position over a distance covering eight helical turns. The segments containing
  9. these  periodic  arrays of leucine residues seem to exist in  an alpha-helical
  10. conformation. The leucine side chains extending from one alpha-helix  interact
  11. with those  from a similar alpha helix  of  a second polypeptide, facilitating
  12. dimerization; the structure formed by cooperation of these two regions forms a
  13. coiled coil [3]. The leucine zipper pattern is present in many gene regulatory
  14. proteins, such as:
  15.  
  16.  - The CCATT-box and enhancer binding protein (C/EBP).
  17.  - The cAMP response element (CRE) binding proteins (CREB, CRE-BP1, ATFs).
  18.  - The Jun/AP1 family of transcription factors.
  19.  - The yeast general control protein GCN4.
  20.  - The fos oncogene, and the fos-related proteins fra-1 and fos B.
  21.  - The C-myc, L-myc and N-myc oncogenes.
  22.  - The octamer-binding transcription factor 2 (Oct-2/OTF-2).
  23.  
  24. -Consensus pattern: L-x(6)-L-x(6)-L-x(6)-L
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: All    those
  26.  mentioned in the original paper, with the exception of L-myc which  has a Met
  27.  instead of the second Leu.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: some 600 other sequences from every
  29.  category of protein families.
  30.  
  31. -Note: as this is far from being a specific  pattern you should be cautious in
  32.  citing the presence of such pattern in a protein  if it has not been shown to
  33.  be a nuclear DNA-binding protein.
  34.  
  35. -Last update: December 1992 / Text revised.
  36.  
  37. [ 1] Landschulz W.H., Johnson P.F., McKnight S.L.
  38.      Science 240:1759-1764(1988).
  39. [ 2] Busch S.J., Sassone-Corsi P.
  40.      Trends Genet. 6:36-40(1990).
  41. [ 3] O'Shea E.K., Rutkowski R., Kim P.S.
  42.      Science 243:538-542(1989).
  43.